NPO法人多摩市民法務支援センター

給与計算の際に、非課税となるべき通勤手当もまとめて給与として税金を源泉徴収している会社もあります。このような場合、従業員は本来支払うべき所得税よりも多い金額を納付していることになります。この余分に源泉徴収された所得税を確定申告によって取り戻す（還付請求する）ことはできるでしょうか。

結論からいうと答えは「できない」です。通勤にかかる費用が給与所得控除額を超えるような特殊なケースを除き、通勤手当の非課税処理は会社（事業主）でなければできません。そもそも会社から交付される源泉徴収票にはその年の総支給額だけで通勤手当などの内訳は記載されません。

給与計算ソフトを使っている会社であればこのような従業員に不利な処理はしないのが通常ですが、給与計算を「紙の台帳＋電卓」「自己流で表計算ソフトに入力」というような中小企業では、計算が楽だからという理由で通勤手当を課税給与にしてしまっているところもあるようです。非課税にできる通勤手当を課税処理しても法律違反ではありません（税務署も税金を余分に払ってくれる会社に対して行政指導などをすることはありません）。

このようなときは、会社に言って、非課税の処理をきちんとやるようしてもらうしかありません。「通勤手当の会計処理」のところでも述べましたが、こういう会社では、
賃金給料　　××　　　　　／現金預金　　××
と、通勤手当を不課税仕入である賃金給料として仕訳しているところが多いはずです。「通勤手当を課税仕入である科目（旅費交通費など）にしないと、会社が払う消費税もその分だけ多くなる」ということを担当者に教えてあげて、正しい（税金が安くなる）仕訳である
賃金給料　　××　　　　　／現金預金　　××
旅費交通費　××
に変え、あわせて通勤手当も非課税処理にしてもらいましょう。

なお、派遣会社など、労働者の賃金を売上原価のように処理しているところでは、このような要求をしても認められない場合があります。

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